Club Nacional

Pereyra ra mắt chuyên nghiệp cho Nacional trong trận đấu tại vòng loại Copa Libertadores 2009 trước Club Nacional của Paraguay, vào ngày 18 tháng 2 năm 2009.

Lanús

Vào ngày 2 tháng 8 năm 2011, Pereyra gia nhập Lanús của Argentina với mức phí US$1.300.000.[1] Vào ngày 26 tháng 9 năm 2011 anh ghi bàn thắng đầu tiên trong trận hòa 1-1 trên sân nhà với Club Atlético Colón.

Krasnodar

Vào ngày 24 tháng 2 năm 2013, Pereyra ký hợp đồng với F.K. Krasnodar cùng bản hợp đồng thời hạn 3,5 năm,[2] gia hạn hợp đồng ngày 30 tháng 4 năm 2015, đến mùa hè năm 2019.[3]